El Programa de maestría y doctorado se dirige por un lado hacia los campos innovadores de la tecnología musical y la cognición musical, ambas propuestas sin antecedentes de estudio en el nivel de posgrado en México y América Latina, y por otro, a los campos tradicionales del saber y la práctica musical como son la interpretación musical, la composición, la educación musical, la musicología y la etnomusicología.

De esta manera se articulan las áreas de artes, ciencias y ciencias sociales, constituyendo una base firme para el desarrollo de nuevas líneas de investigación y de proyectos inter y multidisciplinarios. Además de la FaM, coparticipan en el programa el Centro de Ciencias Aplicadas y Desarrollo Tecnológico y el Instituto de Investigaciones Antropológicas, ambos de la UNAM.